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Bench1：Allegro + LAMMPS（LLZO bulk / 51,840 atoms）

このページは、LPのProof（Bench1）の詳細（条件・結果・再現方法）です。

目的

Allegro推論を毎step回すコストを「爆発しない条件」で再現よく測り、A100→H200 / 4GPU/8GPU選定の土台にする。

条件（再現に必要な最小セット）

項目 値
系 LLZO bulk（base 2,592 atoms を 2×2×5 replicate → 51,840 atoms）
ポテンシャル Allegro（NequIP/Allegro deployed model）
実行 LAMMPS（pair_style allegro）
dt 1 fs
測定方法 Throughput mode（座標固定 + setforce 0：物理MDではなく推論コスト測定）
Warmup 2,000 steps
Measure 20,000 steps

結果（比較）

構成 ns/day（ns/日） timesteps/s（step/s） katom-step/s（k-atom·step/s） 備考
A100 80GB ×1 0.175 2.024 104.930 1GPU
A100 80GB ×4（4レプリカ並列 / 平均/1GPU） 0.174 2.010 104.222 4ジョブ同時実行（1GPUあたり）
A100 80GB ×4（4レプリカ並列 / 合計） 0.695 8.041 416.886 合計スループット（3.97×）

注意（読み違い防止）

  • ここは 物理的に意味のあるNVT運動を見ていません（推論スループットの下限＝再現可能な基準値）。
  • 物理MD（NVT/安定条件）での ns/day は 別ベンチ（Bench1-phys）として追加予定。

再現のしかた（最低限）

  • Warmup 2,000 steps → Measure 20,000 steps の平均を取ります
  • 出力ログから timesteps/s 相当の値を抽出して比較します
  • 同一条件でH200 NVLでもPoC実行し、A100との比較結果を提案書（構成・納期・概算）に反映して提示します（NDA/閉域OK、日本国内のみ）

次のリンク

  • スケール表：/benchmarks/scale/
  • まず1GPU（Runbook付き）：/lp/h200-nvl-1gpu-runbook/

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