Allegro + LAMMPS ベンチ（LLZO bulk / 約50k atoms / dt=1fs）¶
Proof（Bench1）：Allegro + LAMMPS 推論スループット（LLZO bulk / 51,840 atoms / dt=1fs）
目的：「Allegro推論を毎step回すコスト」を、爆発しない条件で確実に測り、A100→H200の比較や4GPU/8GPU選定の土台にする。
| 項目 | 値 |
|---|---|
| 系 | LLZO bulk（base 2,592 atoms を 2×2×5 replicate → 51,840 atoms） |
| ポテンシャル | Allegro（NequIP/Allegro deployed model） |
| 実行 | LAMMPS + pair_style allegro |
| dt | 1 fs |
| 測定方法 | Throughput mode（座標固定 + setforce 0。物理MDではなく“推論コスト測定”） |
| Warmup | 2,000 steps |
| Measure | 20,000 steps |
| 結果（A100 80GB ×1） | 0.176 ns/day / 2.032 timesteps/s / 105.339 katom-step/s |
- 注：ここは「物理的に意味のあるNVT運動」を見ていません。推論スループットの下限（再現可能な基準値）として使います。
- 物理MD（NVT/安定条件）でのns/dayは、別ベンチ（Bench1-phys）として追加します。
- 詳細ページ：→ /benchmarks/lammps-allegro-llzo-bulk-50k/
- H200 NVL実測：同一ベンチパックを PoCで実行して提示（NDA/閉域OK、日本国内のみ）
条件（固定）¶
- 系：LLZO bulk（元素：Li/La/Zr/O）
- 原子数：51,840 atoms（base 2,592 atoms を
replicate 2 2 5） - dt：1 fs（LAMMPS
units metal→timestep 0.001） - ポテンシャル：Allegro（
pair_style allegro/pair_coeff * * model.nequip.pth Li La Zr O） - 測定モード：推論スループット測定（座標固定 / setforce 0）
- 目的：「Allegro推論コスト」を安定に測って、GPU選定に使う
- 注：物理MD（温度制御・緩和・発散回避）を詰めた “物理MD版ベンチ” は別途公開予定
結果（A100 80GB baseline）¶
| GPU構成 | 目的 | 指標 | 結果 |
|---|---|---|---|
| 1GPU（1ジョブ） | 1本あたりの速さ | timesteps/s | 2.032 |
| ns/day | 0.176 | ||
| hours/ns | 136.7 | ||
| katom-step/s | 105.339 | ||
| 4GPU（4レプリカ並列） | 4条件を同時に回す | 合計 ns/day | 0.704 相当（0.176×4） |
どう使うか（4GPUの売り方に直結）¶
- 1GPU = 1条件（1温度/1初期配置/1seed）
- 4GPU = 同条件4本を同時実行（レプリカ）
- 統計を4倍にする / 温度や欠陥条件を4本同時に回す、が現場の価値に直結
再現メモ（ログから抜き出す場所）¶
log.lammpsの最後付近に出るPerformance:行（MEASURE区間）を採用します。
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この条件、4GPUで足りるか / 8GPUが必要かだけでも整理できます（NDA/閉域/学内規程もOK）。
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※ 研究記事の文脈を崩さない“要件整理”の相談として扱います